Ion PGM™ – настольная система NGS-секвенирования на основе полупроводниковой платформы, доступная практически каждой лаборатории. Применяется в фундаментально-научных исследованиях (заболевания человека и животных, стволовые клетки, эпигеномные и метагеномные исследования, исследования древней ДНК и др.), в клинической и судебной медицине, эпидемиологии.
Приложения:
- Секвенирование микробов
- Целевое секвенирование
- ДНК Секвенирование транскриптома
- Секвенирование генов человека, животных, растений (от одного до сотен и тысяч генов);
- Целевое секвенирование участков генома любого организма;
- Поиск соматических и наследственных мутаций при онкологических исследованиях;
- Анализ экспрессии генов и некодирующих РНК, в том числе малых РНК;
- Преимплантационое и пренатальное генетическое тестирование;
- Полное повторное секвенирование геномов бактерий, вирусов и грибов (поиск SNP, структурных перестроек и вариаций копийности, полногеномное генотипирование);
- Метагеномные исследования по последовательности 16S рРНК;
- Анализ митохондриальной ДНК;
- Анализ генов HLA;
- Секвенирование геномов бактерий, вирусов и грибов de novo;
- Анализ белок–ДНК взаимодействий (СhIP-Seq);
- Секвенирование транскриптома (для небольших геномов).
Преимущества:
- Скорость. Время секвенирования – от 30 мин. Процедура пробоподготовки, секвенирования и анализа данных часовможет быть проведена в течение суток;
- Точность. Высокое качество сиквенса. Идеален для анализа SNP: самая низкая частота однонуклеотидных ошибок чтения среди настольных секвенаторов нового поколения;
- Простота. Простой рабочий процесс, возможность автоматизации пробоподготовки, легкое управление прибором;
- Низкая стоимость запуска;
- Масштабируемость. Наличие 3-х видов чипов с различной производительностью при универсальных реагентах для пробоподготовки. Нет необходимости копить образцы и ждать дорогостоящего запуска!
- Самая массовая и цитируемая технология NGS-секвенирования среди настольных систем. Всемирное сообщество исследователей
| Виды микрочипов | Ion 314 v2, Ion 316 v2, Ion 318 v2 |
| Производительность за прогон, пар нуклеотидов (при длине прочтения 400 п.н.) | чип 314 v2: 60-100 Мб; чип 316 v2: 600 Мб - 1 Гб; чип 318 v2: до 1.2-2 Гб |
| Длина прочтения, пар нуклеотидов | задается пользователем в диапазоне 25-400 п.н. |
| Время секвенирования (при длине прочтения 400 п.н.) | чип 314 v2 - 3,7 ч; чип 316 v2 - 4,9 ч; чип 318 v2 - 7,3 ч |
| Количество прочтений за прогон (число ридов) | чип 314 v2 400-550 тыс; чип 316 v2 2-3 млн; чип 318 v2 4-5,5 млн |
| Ion Torrent сервер | два шестиядерных процессора, 48 Гб RAM, восемь дисков объемом по 2 Тб (RAID 5) |
| Форматы выходных данных | BAM, FASTQ, SFF, VCF |
| Число образцов, одновременно секвенируемых за 1 запуск прибора | 1-384 с использованием технологии штрих-кодирования |
| Размеры, мм | 610 х 510 х 530 |
| Вес, кг | 30 |
| Требуемая мощность сети | max 9 A |